Исследователи разработали новый метод диагностики и выявили инфекцию у двух умерших пациентов
Андре Жулиан
Вирус молочницы (SABV), вызывающий острый геморрагический и неврологический синдром с 4 смертельными случаями, зарегистрированными с 1990 года в штате Сан-Паулу, циркулирует в Бразилии уже 142 года. Недавний анализ двух случаев, зарегистрированных в 2019 и 2020 годах, показал, что вирус проявляет генетическую изменчивость с течением времени и поэтому не был идентифицирован с помощью существующих тестов.
Результаты являются частью исследования, опубликованного в журнале. PLOS Забытые тропические болезни исследователями из Объединенного бразильско-британского центра открытия, диагностики, геномики и эпидемиологии арбовирусов (CADDE) при поддержке Fapesp на базе медицинского факультета Университета Сан-Паулу и Имперского колледжа в Соединенном Королевстве. Группа разработала праймерынебольшие фрагменты ДНК, используемые для обнаружения вируса в лабораторных тестах. Материал был отправлен в Институт Адольфо Лутца в Сан-Паулу, который является эталоном штата для проведения такого рода тестов.
«Эталонный штамм вируса молочницы относится к 1990 году, из случая в Котии. Диагностический метод был разработан на основе этого генома. Поскольку прошло более 30 лет, вполне вероятно, что вирус даже изменился. У нас не так много случаев, чтобы иметь возможность провести новые проверки этого метода, но его можно использовать для будущих подозрительных случаев с большей точностью, чем тесты, использовавшиеся до сих пор».», — сказала Ингра Моралес Кларо, которая выполняла эту работу во время своей докторской диссертации по стипендии Fapesp в FM-USP и в настоящее время проходит постдокторантуру в Университете Кентукки в США.
Геномы, извлеченные из молочницы, показали генетическую идентичность на 89% по сравнению со штаммами, ранее описанными в 1999 году, когда был зарегистрирован второй случай в истории. «Анализируя геном новых случаев, мы выявили мутации в целевых областях праймеров, которые препятствовали обнаружению существующими диагностическими тестами. Мы модифицировали эти области, и теперь можно идентифицировать циркулирующие штаммы».— сказал Кларо.
CADDE координирует в Бразилии Эстер Сабино, профессор FM-USP, ответственная за первое секвенирование SARS-CoV-2 в стране в марте 2020 года (читайте здесь и здесь) и вируса mpox в 2022 году (читайте здесь).. В Соединенном Королевстве центр координирует Нуно Фариа из Имперского колледжа.
Команда Фариа координировала проект ZiBRA, который секвенировал вирус Зика, картировал вспышку желтой лихорадки и ее распространение в Бразилии и Сан-Паулу, а также координировал вместе с Сабино первую характеристику гамма-варианта SARS-CoV-2 в Манаусе.
Как вирус взаимодействует с клетками человека
Случай заражения SABV в 2020 году был выявлен с помощью метагеномного анализа — метода, который позволяет обнаруживать различные микроорганизмы непосредственно в образце, без необходимости заранее знать, какой вирус искать. Молочница присутствовала в крови 52-летнего пациента из Сорокабы, во внутренних районах Сан-Паулу. Используемый метод представлял собой подход быстрой метагеномики, разработанный во время докторской диссертации Кларо, позволяющий быстро обнаруживать новые патогены в клинических образцах.
Мужчина, ранее гулявший по лесным массивам, 30 декабря 2019 года обратился за помощью в отделение первичной медицинской помощи, был переведен в Больницу das Clínicas de São Paulo с подозрением на желтую лихорадку и в итоге умер 11 января 2020 года. Первоначальные анализы на желтую лихорадку и молочницу оказались отрицательными.
После обнаружения вируса в образце пациента из Сорокабы исследователи решили проанализировать образцы крови семи других предыдущих случаев острого геморрагического и неврологического синдрома, у которых тест на желтую лихорадку оказался отрицательным. Именно тогда они обнаружили случай с 63-летним сельским рабочим из Ассиса, госпитализированным в Hospital das Clínicas 10 декабря 2019 года и умершим через два дня.
В обоих случаях исследователи наблюдали изменения в белке, связывающем вирус с человеческой клеткой. Филогенетический анализ, который позволяет нам реконструировать историю эволюции возбудителя, показал, что он циркулирует в Бразилии на протяжении десятилетий и, возможно, не является недавним завозом.
«Возможно, в прошлом были и другие случаи, которые не были выявлены. Важно знать вирус, разработать тесты и изучить изменения, которые происходят в его геноме, чтобы предвидеть в будущем новые случаи и даже вспышки заболевания»— сказал Сабино.
Неизвестный резервуар
Виды, служащие резервуаром САБВ, пока не известны, но считается, что это дикие грызуны. Заражение произошло в сельской местности, где возможно взаимодействие животных и человека.
«В этом контексте подходы метагеномики оказались важными инструментами для обнаружения редких или неожиданных патогенов, особенно когда целевые диагностические тесты не дали результатов. Эта стратегия сыграла фундаментальную роль как в выявлении смертельных случаев молочницы у людей, так и у диких животных, а также подчеркивает важную роль геномного надзора в выявлении рисков для здоровья населения».— заявил Фариа из Имперского колледжа, приводя в качестве примера недавнее исследование группы по эволюции и динамике передачи желтой лихорадки в Бразилии.
SABV считается одним из бразильских вирусов с самым высоким риском передачи аэрозольным путем в лабораторных условиях, что требует максимального уровня биобезопасности для борьбы с ним, чего до сих пор не существует в Южной Америке.
Открытие «Ориона» запланировано на 2030 год — первой в стране лаборатории, способной хранить и манипулировать активным вирусом, строящейся в Национальном центре исследований в области энергетики и материалов (CNPEM) в Кампинасе. В настоящее время эталонный штамм молочницы хранится в США.
Статья Геномная характеристика вируса сабиа в Бразилии, 2019–2020 гг.: Значение для диагностики, эволюции вируса и связывания рецепторов можно прочитать здесь.
Этот текст был первоначально опубликован Agência Fapesp 27 мая 2026 г. Содержание бесплатно для переиздания со ссылкой на источник и адаптировано к стандарту RichWeNews.
